مدرسه و کاروانسرای گنجعلیخان در مجموعه گنجعلی خان و ضلع شرقی میدان واقع شده است. ابعاد مدرسه 23×31/5 متر و جمعاً 724 مترمربع مساحت دارد.
این بنا تا زمان آقا محمد خان قاجار مدرسه ای پر رونق بوده و پس از ویران شدن به دستور وی ، تعطیل شده و در اواسط قرن سیزدهم به عنوان کاروانسرا مورد استفاده قرار گرفت.
بر کاشی‌های کتیبه سر در آن تاریخ 1007 ه. ق مطابق با 1598 میلادی نقش بسته و معمار آن محمد سلطانی یزدی بوده است. کتیبه مذکور که بیشتر آن ریخته به خط علیرضا عبا سی خطاط مشهور زمان صفوی است.
این سر در دارای مقرنس کاری‌های بسیار نفیس بوده که در حال حاظر قسمت کمی از آن بر جای مانده است.
کاشیکاری نمای داخلی مدرسه که شامل کاشی معلقی و معرق میباشد نمونه‌های زیبایی از کاشیکاری
دوره صفویه به شمار می‌رود. حجره‌های متعدد آن در دو طبقه با شیوه معماری زیبایی طراحی‌شده‌اند.
نمای داخلی و خارجی این مدرسه، کاشی کاری معرق دارد که از عصر صفوی به یادگار مانده‌است.
کاشیکاریهای نمای داخلی و بیرونی مدرسه از نوع معرق و معقلی است و کاربندیهای زیبا، مقرض بندیهای منقوش، گچبریها و نقاشیهای دیدنی، مکمل تزئینات آن میباشد.
وجود حجره هایی به سبک مدارس مذهبی، سبک معماری، کتیبه سنگی وقف نامه و وجود یک قاب کاشیکاری در ضلع شرقی مدرسه که بر روی آن حدیث شریف "انامدینه العلم و علی
...مشاهده کامل متن بابها" نقش بسته است و نیز اسماء متبرکه و آیات قرآنی موجود در این بنا، حکایت از مدرسه بودن آن، در گذشته دارد.
بر اساس منابع موجود آقا محمد خان قاجار این مدرسه را تخریب کرده است و کلیه آثار آن در هجوم آغامحمدخان صدمات فراوانی دید و فقط ازکتابخانه آن حدود 5000 نسخه خطی نفیس به غارت رفت.
مدرسه در حال حاضر تبدیل به دانشکده هنر شده است. این اثر در تاریخ ۲۹ آذر ۱۳۱۶ با شمارهٔ ثبت ۲۹۷ به‌عنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
منابع:
http://en.wikipedia.org/wik
http://www.mehrnews.com
http://kr.pcci.ir/about-ostan/
http://awqaf.kr.ir/index.php
